Het bestuur van ECABO bestaat uit vertegenwoordigers van werkgevers, werknemers en onderwijs. Samen hebben zij het laatste woord in het beleid dat we voeren.
Tegelijk hebben de afzonderlijke arbeidsmarktsectoren zeggenschap bij ECABO via speciale bestuursorganen, die 'sectorraden' heten. ECABO's paritaire commissie bewaakt de samenhang tussen de verschillende sectorraden en adviescommissies. Als overkoepelende controlelaag met vertegenwoordigers van bedrijfsleven en onderwijs stelt zij zich een hechte, transparante kwalificatiestructuur ten doel.
